توسعه صنعتی بر مبنای اقتصاد دانش بنیان، از طریق نوآوری و تجاری‌سازی فناوری‌ها و عرضه آنها به بازار امکان‌پذیر خواهد بود. از این رو معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری با سرلوحه قرار دادن منویات مقام معظم رهبری و سیاست های ابلاغی ایشان، به منظور تحقق اهداف تعیین شده‌ی حوزه علم و فناوری در اسناد بالا دستی از جمله سند چشم انداز 1404 و نقشه جامع علمی کشور و در راستای حل چالشهای راهبردی کشور، با تعریف و اجرای طرح های کلان ملی و پیشران افتصادی در زمینه ارتقاء و توسعه فناوری و نوآوری، بستر تحقق اقتصاد مقاومتی و دانش بنیان و رشد و توسعه پایدار کشور را فراهم می سازد. مرکز مدیریت طرح های کلان و پیشران در راستای مدیریت هدفمند، هم افزایی امکانات سخت افزاری و نرم افزاری کلیه ذینفعان و با مشارکت بخش خصوصی حمایت های لازم از تعریف، تصویب، اجرا و نظارت راهبردی طرح های کلان ملی فناوری و پیشران اقتصادی در کشور را صورت می دهد.
همانطور که از عنوان مرکز برداشت می‌شود ماموریت مرکز در دو حوزه طرح‌های کلان فناوری و طرح‌های پیشران اقتصاد دانش بنیان تعریف شده است.
طرح‌های کلان فناوری طرح‌هایی هستند که محصول محور بوده و محصول مورد نظر دارای چند ویژگی خاص از جمله: ترکیبی از چند فناوری در حوزه‌های مختلف،پیچیدگی در فناوری و طراحی سیستمی، وجود بهره‌بردار نهایی، ارزبری قابل توجه، راهبردی بودن محصول برای کشور است. این طرح‌های محصول محور عموماً مبتنی بر نیاز واقعی کشور بوده که یا از طرف نهادهای حاکمیتی به عنوان اولویت به معاونت علمی معرفی شدند یا خود مرکز مدیریت طرح‌های کلان با مشورت نخبگان و صاحب نظران آنها را تعریف نموده است. ارزیابی پیشنهادهای ارائه شده از طرف مجریان و شرکت‌های فناور دانش‌بنیان ،احراز صلاحیت آنها جهت انجام طرح‌ها و همچنین نظارت و راهبری مستمر طرح‌های مصوب از وظایف اصلی مرکز در حوزه طرح‌های کلان است.
طرح‌های پیشران اقتصاد دانش بنیان طرح‌هایی هستند که بیشتر از آنکه موضوع احصاء فناوری دارای اهمیت باشد، موضوع اثر محصول بر روی اقتصاد دانش بنیان کشورمورد توجه بوده و پیچیدگی فناوری و بزرگ بودن ابعاد هزینهای طرح‌ها سبب شده که برای انجام آنها، تشکیل کنسرسیوم یا تعاونی از شرکت‌های فناور دانش بنیان مدنظر باشد.
تشکیل و راهبری کنسرسیوم‌های تخصصی از شرکت‌های بزرگ در کنار شرکت‌های دانش بنیان نوپا و فناور از ماموریت‌های مرکز مدیریت طرح های کلان و پیشران است.
